董其昌一生勤于书画，又享高寿，传世作品很多，书法代表作有《白居易琵琶行》、《袁可立海市诗》、《三世诰命》、《草书诗册》、《烟江叠嶂图跋》、《倪宽赞》、《前后赤壁赋册》等。

上海博物馆收藏的绘画代表作有：山水画《江干三树图》、《秋兴八景》大画册（为董其昌一生之精心杰作，与此同样还有一本大画册，已流往海外）；北京市文物商店藏有一件书法作品《金沙帖》；天津市艺术博物馆有一幅其晚年为同年挚友袁可立所创作的《疏林远岫图》；南京博物院藏有书法作品《松江府制浩》 ；安徽省博物馆收藏有16幅《董其昌纪游册》，原为河南袁枢（袁可立子）家藏品，吉林省博物馆藏有一件著名山水画《昼锦堂图》卷。