为深化出版体制改革，优化上海出版资源配置，进一步加快上海出版业发展，构筑上海文学艺术出版的新平台，2003年12月，上海市委、市政府决定，以上海文艺渣纤出版社、上海文化出版社、上海音乐出版社（上海文艺音像电子出版社）、上海书画出如凯仿版社、上海人民美术出版社、上海画报出版社（2006年11月更名为上海锦绣文章出版社）、百家出版社（2010年重组更名为上海中西书局）为基础，组建上海文艺出版总社，进行专业出版集团和大社名社发展新路的探索，目标是建成以文学艺术出版物为主要特色的专业化、集团化、走内涵式发展道路的新型出版机构。2004年2月，国家新闻出版总署批复同意在上述8家出版单位基础上组建上海文艺出版总社。2004年6月，上海文艺出版总社完成筹备工作，全新亮相。

2005年，上海印刷新技术（集团）公司划入集团。后又相继成立了上海故事会文化传媒公司、上海咬文嚼字文化传播公司、上海壹周文化传媒公司、上海动画大王文化传媒公司、上海朵云轩总公司、上海文艺出版集团发行有限公司。按照中央关于深化文化体制改革的要求和《上海市孙蚂文化体制改革试点工作方案》，上海文艺出版总社及下属各出版社于2006年起由经营性事业单位转制为企业。2009年6月22日，“上海文艺出版总社”正式更名为“上海文艺出版（集团）有限公司”。