婺源县，以旧县治清华“地近婺水之源”而名。

据对境内善山、江村、茅坦庄等地发掘出土的陶纺轮、石网坠、骨针、圜底网纹陶罐、印纹陶片、石斧、石凿等器物考证，在4000多年前，婺源地域就有居民活动。早期生活在这方山水的土著先民，属于“越”。他们“饮稻羹鱼”“火耕水耨”，在这里劳垦生息，过着定居的原始农耕生活。

西周前，婺源地域属“扬州之域”。春秋战国时期，诸侯争霸，婺地属于吴国领地。周元王三年（前473年），吴被越国攻灭归越；吴王夫差的长子吴鸿亦被流放婺源湖山。周显王十四年（前355年）楚灭越后，婺源地域划入楚国版图，直至秦王政二十四年（前223）楚国灭亡。

秦统一六国后，派兵南征降“百越”，于秦始皇三十一年（前216）占领古徽州地区，设黝（后改“黟”）、歙二县，归属鄣郡；婺源地域以属歙县地随之隶鄣郡。对于“鄣郡”之名，一说系因婺源北部的三天子鄣（大鄣山）而得。西汉元狩二年（前121年），改鄣郡为丹阳郡，婺地又随歙县改属丹阳郡。在此秦汉时期，生活在黟、歙地域的土著越人，因不堪封建王朝的暴政，纷纷逃入山中，形成“山越”。山越人刀耕火种，“以渔猎、山伐为业”，遁迹于山林，过着一种与世隔绝的生活。

东汉末年，三国鼎立，丹阳郡成为孙吴的割据地之一。建安十三年（208年），孙吴政权派兵制服山越后，分歙县辖地增置始新、新定、犁（后改“黎”）阳、鸺（不久改“休”）阳4县，加上原黟、歙共6县建立新都郡；婺源地域属休阳（三国吴永安元年改名“海阳”）县。吴嘉禾三年（234年），幽居深谷的山越人迁出山林，结束这里历史文化与社会发展的封闭状态，促使半原始形态的山越丛林社会逐渐向封建社会转变。

西晋太康元年（280年）吴亡，改新都郡为新安郡，改海阳县为海宁县，婺源地域属新安郡海宁县。

隋开皇九年（589年）新安郡改为歙州，十八年（598年）海宁县改为休宁县，婺地属歙州休宁县。

唐开元二十八年（740年），析休宁县回玉乡和乐平县怀金乡之地，建立婺源县，治清华，隶属歙州。元和七年（812年），又划乐平县丹阳乡归婺；汉长沙王吴芮墓时亦随石老山（今名“鸡山”）移入婺源版图。天复元年（901年），婺源县治由清华移至蚺城。

五代十国时期，婺源先后随歙州隶属吴宁国军、南唐建威军管辖。南唐昇元二年（938年），镇守婺源的1500名关西军兵士，分别屯田“武溪香田、思溪大田、潋溪车田、浮溪言田、古溪丰田”等处以耕为永业，使山间盆地不断开垦。

宋开宝八年（975年）南唐灭，婺源随歙州入宋。宣和三年（1121年）歙州改名徽州，婺源随之隶属徽州。

元至元十三年（1276年），徽州（翌年改为徽州路）入元，婺源随隶之。元贞元年（1295年），婺源县升为婺源州（下州），隶属徽州路（至正二十四年改为徽州府）。

明洪武二年（1369年），婺源州复为婺源县，仍隶属徽州府。清沿明制。

民国元年（1912年），裁府（徽州府）留县，婺源县直隶安徽省。民国21年（1932年）属安徽省第十行政区；民国23年（1934年）划入江西省第五行政区；民国36年（1947年）划回安徽省第七行政区。

1949年5月1日，中国人民解放军第二野战军十六军四十八师解放婺源，复由安徽划归江西，先后属乐平、浮梁专区。

1952年，属上饶专区。

1971年，属上饶地区。

2000年，为上饶市辖县至今。