整个青藏高原区的植物种类十分丰富，据粗略估计高等种子植物可达10，000种左右，如果把喜马拉雅山南翼地区除外也有约8，000种之多。但是高原内部的生态条件差异悬殊，植物种类数量的区域变化也十分显著。如高原东南部的横断山区，自山麓河谷至高山顶部具有从山地亚热带至高山寒冻风化带的各种类型的植被，是世界上高山植物区系最丰富的区域，高等植物种类在5，000种以上。

而在高原腹地，具有大陆性寒旱化的高原气候，植物种类急剧减少，如羌塘高原具有的高等种子植物不及400种，再伸进到高原西北的昆仑山区，生态条件更加严酷，所采到的植物种类也只有百余种。高原北部的柴达木盆地虽然海拔高度低至3，000米上下，但气候极端干旱，盆地内种子植物约300种，加上周围山地，种类可在400种以上，至于新疆和西藏交界的阿克赛钦和青海柴达木盆地西北部则出现大面积裸露的无植被地段，所能找到的植物种类就更少了。可见，整个高原地区植物种类的数量是东南多、西北少，呈现出明显递减的变化趋势。

按照植物种类的地理成分，青藏高原各地也有显著的区域差异。青藏高原南缘，东喜马拉雅南翼的低海拔地区属古热带植物区，热带地理成分占优势，种属数虽较多，每属内所含的种数却较少，说明这里处在古热带植物区的北部边缘，属热带亚洲成分，起源大都比较古老。如三尖杉科的印度三尖杉，买麻藤科的买麻藤，金缕梅科的阿丁枫，龙脑香科的羯布罗香等。高原东南部属森林植物区系，以中国-喜马拉雅成分为主，含有数量众多的木本植物，组成各种类型的森林，如壳斗科、茶科和樟科的一些常绿树种，高山栎类植物以及针叶林中的代表树种，如高山松、乔松，多种冷杉和云杉等，杜鹃属的现代分布中心也就在这里。

在高原内部则以青藏高原成分占支配地位，它有着年轻的、独立发展的历史，有许多种、属是在高原强烈隆升过程中逐渐适应于寒冷干旱的生态条件而发展起来的。典型代表植物如小蒿草、紫花针茅、固沙草、西藏蒿、垫状驼绒藜等。高原的西北部和柴达木盆地等干旱区域则以亚洲中部荒漠成分为主，如驼绒藜、膜果麻黄、合头草、蒿叶猪毛菜、沙生针茅等。典型的温带和高山成分如金露梅、羊茅、珠芽蓼等在高原上分布比较广泛，常为高山灌丛和草甸的组成成分。

因此，在植物区系上整个青藏高原区除其南缘可划归古热带植物区外，绝大部分都属于泛北极植物区。其东南部属中国-喜马拉雅森林植物亚区，北部的柴达木盆地属亚洲荒漠植物亚区的范围，而高原内部腹地则是一个独特的青藏高原植物亚区。

通常在人们的想象中，青藏高原是与森林无缘的。其实不然，在高原的南缘和东南部，即喜马拉雅山脉、念青唐古拉山脉东段和横断山脉地区，深受南来夏季风的惠泽，气候湿润、降水较多，广泛分布着茂密的森林，是我国的重要森林区之一，有些还保存着较完好的原始天然森林。而在高原的北部边缘，如祁连山东段和昆仑山西段北翼山地也有少量森林零星分布，具有干旱荒漠区边缘“湿岛”的特征。